1953年，卫生部在我所成立了国家医学菌（毒）种保藏大队，1964年更改为国家“医用菌种毒种中心总站”，1979年经国家科委和卫生部批准，在我所建立了“中国医学细菌保藏管理中心”（以下简称为“中心”）。承担国家医学微生物菌（毒）种保藏和管理的任务。80年代中中国医学细菌保藏管理中心加入世界菌种保藏联合委员会（WFCC），“中心”原主任袁曾麟曾经为该委员会七名理事之一。

     “中心”在我所设有钩端螺旋体（菌苗室）、霍乱弧菌（诊断室）、脑膜炎球菌（菌种室）、沙门氏菌（诊断室）、大肠埃希氏菌（诊断室）、布氏菌（菌苗室）和结核分支杆菌七个专业实验室。现有专职菌种保藏管理人员5名，兼职人员6名，各专业实验室从事菌种的收集、鉴定、分类、研究的人员约40名，近五年培养了6名博士和22名硕士研究生，发表了论文78篇，出版了专著8本，申请专利8项。